Đây là một trong những con tàu bị chìm nổi tiếng nhất thế giới. Trước khi biến mất, con tàu đang chở lượng kho báu khổng lồ tới cho nhà vua.
Thành phố Lisbon vào thời điểm vào năm 1502 đang là thời kỳ hoàng kim thám hiểm của xứ Bồ Đào Nha. Cảng Lisbon luôn sầm uất càng nổi tiếng hơn với thành tựu mới nhất được công bố: một con tàu khổng lồ mới toanh và chất lượng tốt nhất từ trước tới nay.
Với chiều dài 35,9m, cao tới 33,8m và nặng 400 tấn, Flor de la Mar là con tàu  lớn nhất trong hạm đội tàu của Bồ Đào Nha. Tàu có thể chở theo thủy thủ đoàn khoảng 500 người, trang bị 50 khẩu pháo.
Được mệnh danh "Flower Of The Sea" (tạm dịch: Bông hoa của biển cả), tàu Flor de la Mar đã tham gia vào một số chiến dịch quân sự  trong suốt 9 năm phục vụ tại hạm đội Bồ Đào Nha.
Flor de la Mar bắt đầu chuyến hành trình đầu tiên của mình vào năm 1502 dưới sự chỉ huy của Estevão da Gama, một nhà hàng hải và nhà thám hiểm người Bồ Đào Nha. Trong khoảng thời gian này, tàu được cho là đã khám phá ra quần đảo Trindade và Martim Vaz (thuộc Brazil hiện nay).
Trong chuyến trở về, con tàu đã gặp phải một số trục trặc khi vượt qua vùng biển gần đảo Mozambique. Các nhân chứng vào thời điểm đó cho biết con tàu bị rơi rất nhiều đinh ốc xuống biển và buộc phải thả neo trên đảo để sửa chữa.
Sau đó, tàu Flor de la Mar quay trở lại Ấn Độ dưới sự chỉ huy của tướng Jõao da Nova với tư cách là một phần của hạm đội Ấn Độ thuộc Bồ Đào Nha. Trong chuyến trở về, con tàu một lần nữa gặp vấn đề và buộc phải thả neo ở đảo Mozambique trong khoảng 10 tháng để sửa chữa.
Năm 1510, dưới sự chỉ huy của vị tướng huyền thoại Afonso de Albuquerque, con tàu tham gia vào cuộc chinh phục các thành phố ven biển gồm Curiati, Khor Fakkan và Ormuz, đồng thời thu thập của cải, kho báu từ khắp nơi mà nó đi qua.
Điều đáng nói là trước đó, tàu Flor de la Mar đã xuống cấp trầm trọng do trải qua nhiều lần sửa chữa, đến nỗi việc ra khơi của tàu cũng được xem là miễn cưỡng.
Tháng 12/1511, hàng hóa, châu báu đã chất đầy lên khoang tàu và viên thuyền trưởng Albuquerque ra lệnh Flor de la Mar trực chỉ về quê hương. Hai ngày sau khi nhổ neo, con tàu rơi vào một cơn bão dữ dội. Nó quăng quật, vật lộn với bão dữ chỉ trong vòng vài giờ và rồi cuối cùng đụng phải một bãi san hô ngầm ở ngoài khơi đảo Sumatra.
Theo các nguồn tài liệu thì con tàu Flor de la Mar nhanh chóng bị gãy làm đôi sau khi va đụng vào rặng san hô và sóng biển dữ dội đã biến 2 mảnh con tàu thành những mảnh vụn. Gần như 400 con người bị thiệt mạng trong xác tàu, ngoại trừ thuyền trưởng Albuquerque trốn thoát cùng với vài thuộc hạ thân tín trên một xuồng cứu sinh của thế kỷ XVI.
Một số tài liệu cho biết tàu Flor de la Mar khi ấy mang theo gần 80 tấn vàng, 200 chiếc rương chứa đầy kim cương, hồng ngọc, ngọc lục bảo, tiền xu, nước hoa, đồ trang sức...
Trong đó bao gồm một số bảo vật  cực kỳ quý hiếm, như chiếc vòng tay bằng vàng của Rajah of Sabandar, 4 con sư tử với kích thước như thật bằng vàng nguyên khối, và những tấm bản đồ dẫn tới kho báu được vẽ bằng tay. Toàn bộ số cổ vật này cùng với giá trị của con tàu được Discovery ước tính khoảng 2,5 tỷ bảng Anh (gần 80.000 tỷ đồng).
Đám người của Albuquerque với quần áo rách rưới te tua, đành bỏ lại con tàu mang theo kho báu  chìm xuống đại dương. Bất chấp nhiều nỗ lực săn lùng xác tàu, việc tìm ra nó vẫn thất bại. Trong số những chuyến thám hiểm nhằm khám phá ra kho báu khổng lồ này có công sức của South East Asia Salvage, một công ty của Singapore đã nhận được sự cho phép của Chính phủ Indonesia ngay từ năm 1989 nhằm tìm kiếm con tàu Flor de la Mar bị đắm.
Nhưng trước khi công ty South East Asia Salvage lên đường tìm ra thứ mà họ cho rằng có lẽ là vị trí có xác tàu Flor de la Mar bị chìm, thì đã có một cuộc tranh cãi cam go giữa Malaysia, Bồ Đào Nha và Indonesia vì bên nào cũng tuyên bố họ là chủ nhân của số kho tàng nếu được tìm thấy.
Cho đến ngày nay, xác tàu đắm Flor de la Mar từng một thời là niềm kiêu hãnh của hạm đội tàu Bồ Đào Nha, vẫn nằm đâu đó gần eo biển Malacca. Đây luôn là đích đến của các tay săn lùng kho báu muốn lặn xuống để chinh phục làn nước âm u nhằm định vị con tàu và trục vớt kho tàng vô giá.