Hàng năm, chùa đều tổ chức rất nhiều đàn lễ cầu siêu cho các thai nhi yểu mệnh với mong muốn các bé có cơ hội được nghe kinh Phật để sớm siêu thoát.
Toạ lạc trên con phố Đặng Thai Mai (quận Tây Hồ), bên cạnh hồ sen rộng lớn, chùa Phổ Linh là ngôi chùa  duy nhất ở Hà Nội có hẳn một "động thờ thai nhi" - nơi những người vì trót vứt bỏ mạng sống của các thai nhi đến để gửi gắm, cầu nguyện, tưởng nhớ con mình.
Ngôi chùa nằm gần bờ Hồ Tây  với gian chính điện thờ Mẫu được xem là đẹp bậc nhất tại Hà Nội. Nội thất như cửa, xà ngang đều làm bằng gỗ lim rất chắc chắn. Gian thờ chính của chùa có rất nhiều phần được chạm khắc tinh vi, tỉ mỉ...
Thoạt nhìn, chùa Phổ Linh không khác những ngôi chùa khác là bao. Chỉ khi ghé thăm khuôn viên cổ kính sâu bên trong chùa, nơi có "động thờ thai nhi" nép mình dưới tán cây cổ thụ với hàng ngàn bài vị của các thai nhi yểu mệnh đang yên nghỉ tại đây, mới thấy được một ngôi chùa khác lạ, nhói lòng đến thế.
Theo văn bia ghi chép lại, vào thời vua Lê Kính Tông, niên hiệu Hoàng Định 18 (1618), chùa Phổ Linh được Thiền sư Minh Tạng và tiểu đệ Đức Quang cùng dân làng vùng Nghi Tàm - Quảng Bá (quận Tây Hồ), đặc biệt có sự trợ quyên của hoàng tộc Lê Phi Tự, Quận chúa Trịnh Ngọc Liên… trùng tu trong hơn 2 năm mới xong.
Từ đó đến nay, chùa đã trải qua nhiều đời sư trụ trì. Theo lời kể lại, dưới thời tổ Thích Đàm Thanh trụ trì, khuôn viên gian thờ thai nhi đã được xây thêm một động tiên nhằm trang trí cho gian thờ thêm sinh động, bớt phần lạnh lẽo, u ám... Và "động thờ thai nhi" đã hình thành.
Động cao hơn 2m, rộng 2,8m và có lòng động sâu hơn 90cm. Động được phân chia làm nhiều mô núi nhỏ, phía trên các mô đều được “chải chuốt” bằng nhiều màu sắc rất sống động. Giữa động được tôn trí tượng Phật A Di Đà cao 30cm, bằng gỗ, phía dưới tượng Phật là ban thờ có di ảnh của một bé nam và một bé nữ.
Xung quanh khuôn viên động có rất nhiều hình tượng các cô bé, cậu bé… bằng gỗ. Canh trước cửa động có 2 Thần Hộ Pháp bằng gỗ sơn son thiếp vàng, bên cạnh 2 Hộ Pháp là hình hai cậu bé cởi trần đóng khố bằng chất liệu gốm Bát Tràng . Trong lòng động còn được bố trí rất nhiều đèn nháy lấp lánh tạo cho động thờ một cảnh quan hết sức sống động.
Sư cô Thích Đàm Chung cho biết, trong kinh Trường Thọ Diệt Tội, Phật có dạy: “Trên thế gian có năm tội ác nặng, sám hối khó diệt. Những gì là năm, một là giết cha, hai là giết mẹ, ba là giết thai, bốn là làm thân Phật chảy máu, năm là phá sự hòa hợp của Tăng”.
Chính vì lẽ đó, sư cô rất muốn giành một góc trong khuôn viên chùa để thờ cúng các thai nhi – vốn là những vong hồn không được các bậc làm cha làm mẹ quan tâm thờ cúng. Từ nằm 2008, sư cô đã khởi tâm muốn cải tạo lại động tiên của sư tổ Đàm Thanh đã làm và đến đầu 2012 thì bắt đầu thực hiện.
Hiện trong tất cả các ngôi chùa ở Hà Nội, chỉ duy nhất chùa Phổ Linh là có “động thờ thai nhi” và đây cũng được xem là nơi có nhiều gia đình tìm đến để gửi gắm vong hồn con cái mình đã bị tử nạn khi còn là thai nhi.
Nơi đây cũng được coi như một ngôi nhà chung - nơi ôm ấp giấc ngủ vĩnh hằng của những thai nhi yểu mệnh, những em bé không may phải từ giã cõi đời từ khi chưa lọt lòng. Đứng về góc độ xã hội thì đây cũng được xem như một lời "cảnh tỉnh" lương tâm những ông bố bà mẹ trẻ để không tái diễn lỗi lầm này.
Các lễ cầu siêu trong năm thường không cố định thời gian nhưng các gia đình tìm đến tham gia rất đông. Mỗi một đàn lễ cầu siêu thai nhi sản nạn thường được nhà chùa tổ chức kéo dài liên tục từ sáng hôm trước đến tận khuya hôm sau mới hoàn tất với rất nhiều nghi thức như cúng cầu siêu, giải oan, cắt kết, phóng sinh, cúng cháo… Một đàn lễ thường phải có tới 10 vị sư và một số thầy pháp thay nhau cúng.