Không phải số tiền bị rút khỏi SCB hay khối tài sản khủng bị kê biên, cách Chủ tịch Trương Mỹ Lan điều hành trơn tru hệ sinh thái gồm hàng nghìn pháp nhân mới là bí ẩn lớn nhất trong vụ án Vạn Thịnh Phát.
Kết quả điều tra vụ án Vạn Thịnh Phát  được hé lộ với hàng loạt con số gây sốc. Bên cạnh lượng tiền hàng chục tỷ USD bà Trương Mỹ Lan chiếm đoạt của SCB cùng khối tài sản khổng lồ bị kê biên của Chủ tịch Vạn Thịnh Phát, quy mô “khủng” của đế chế này khiến mọi người không khỏi ngạc nhiên.
Bà Trương Mỹ Lan  đã xây dựng một hệ sinh thái lên tới hơn 1.000 doanh nghiệp gồm các công ty con, công ty thành viên trong và ngoài nước, được chia thành nhiều tầng lớp, với hàng trăm cá nhân được thuê đứng tên đại diện pháp luật hoặc là người có quan hệ họ hàng, cán bộ, công nhân viên Tập đoàn VTP; được chia làm 4 nhóm chính có quan hệ chặt chẽ với nhau.
Nhóm định chế tài chính tại Việt Nam gồm: SCB, Công ty Chứng khoán Tân Việt, CTCP Đầu tư Tài chính Việt Vĩnh Phú, trong đó SCB có vai trò đặc biệt quan trọng, được sử dụng như một công vụ tài chính để cấp vốn cho các công ty trong hệ sinh thái VTP.
>> Quá trình thâu tóm Ngân hàng SCB của Chủ tịch Vạn Thịnh Phát 
Nhóm công ty có hoạt động kinh doanh tại Việt Nam phần lớn hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản, nhà hàng, khách sạn ... đều là công ty có vốn điều lệ lớn, nắm cổ phần chỉ phối các công ty con, công ty thành viên, như CTCP Tập đoàn Sài Gòn Peninsula vốn điều lệ 18.000 tỷ đồng, CTCP Tập đoàn Đầu tư An Đông vốn điều lệ 9.000 tỷ đồng...
Nhóm các công ty "ma" tại Việt Nam được thành lập để lấy pháp nhân góp vốn đầu tư vào các dự án, vay vốn ngân hàng, thực hiện việc đảo nợ hoặc ký hợp đồng hợp tác, thi công...
Cuối cùng là mạng lưới công ty tại nước ngoài, bà Lan xây dựng mạng lưới nhiều công ty vỏ bọc, tại các vùng lãnh thổ, quốc gia "thiên đường thuế" phục vụ hoạt động đầu tư, kinh doanh tại nước ngoài hoặc sử dụng danh nghĩa "nhà đầu tư nước ngoài" đầu tư vào Việt Nam có nhiệm vụ quản lý nguồn vốn, tài sản của gia đình bà Lan tại nước ngoài.
Cơ quan điều tra xác định hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát có hạt nhân là CTCP Tập đoàn Vạn Thịnh Phát có vốn điều lệ 13.000 tỷ đồng.
Doanh nghiệp này giữ vai trò trung tâm, nắm giữ cổ phần, kiểm soát toàn bộ hoạt động của các công ty trong hệ sinh thái và không tham gia trực tiếp vào hoạt động kinh doanh.
Người đại diện theo pháp luật là bà Trương Huệ Vân, cháu bà Trương Mỹ Lan. Trong vụ án này, bà Vân bị đề nghị truy tố tội tham ô tài sản và vi phạm quy định về hoạt động cho vay.
Cơ cấu cổ đông của Vạn Thịnh Phát cô đặc chỉ với 4 cá nhân: Trương Mỹ Lan sở hữu 60% cổ phần; bà Elizabeth Chu Yuet Han (Chu Duyệt Hằng), con Trương Mỹ Lan, sở hữu 10%; bà Mary Chu Yuet Fan (Chu Duyệt Phấn), con gái Trương Mỹ Lan, sở hữu 10%; CTCP Emerald, đại diện là Trương Huệ Vân, sở hữu 20%.
HĐQT gồm 6 thành viên gồm: Trương Mỹ Lan, Chủ tịch HĐQT; Ngô Thanh Nhã, Phó Chủ tịch HĐQT; 4 thành viên HĐQT là bà Chu Duyệt Hằng, bà Chu Duyệt Phấn, ông Trương Lập Hưng (cháu bà Lan), Trương Huệ Vân.
Các dự án đầu tư do Tập đoàn Vạn Thịnh Phát làm chủ đầu tư: Dự án Khu dân cư Bonville thuộc Lô số 6 - Khu chức năng 9A-B Đô thị mới Nam thành phố, xã Bình Hưng, huyện Bình Chánh, TP.HCM với diện tích là 56.293 m2 và nhiều dự án, hợp đồng khác.
Trong số ngàn doanh nghiệp, 3 doanh nghiệp quan trọng trong vụ án gồm CTCP Tập đoàn Đầu tư Vạn Thịnh Phát; CTCP Tập đoàn Sài Gòn Peninsula; CTCP Đầu tư Tài chính Việt Vĩnh Phú.
Các công ty này nắm giữ nhiều dự án lớn như Công ty Đầu tư Vạn Thịnh Phát có dự án dự án Khu dân cư Sterling Residence thuộc Khu đô thị mới Nam thành phố ở huyện Bình Chánh với quy mô 264.633m2. Công ty Peninsula sở hữu dự án khu công viên Mũi Đèn Đỏ và khu nhà ở đô thị tại quận 7 (TP.HCM) với quy mô dự án gần 1,2 triệu m2. Hiện dự án đang trong quá trình làm thủ tục đầu tư, chưa được phê duyệt dự án, chưa được giao đất.
Một số công ty có hoạt động kinh doanh, tạo doanh thu cho nhóm Vạn Thịnh Phát như Công ty Windsor, Công ty An Đông, Công ty Time Square Việt Nam, Công ty Thiên Phúc, Công ty Vinametric, Công ty Bông Sen, Công ty Sài Gòn Artisans, Công ty LaviFood…
Đáng chú ý, trong hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát, loạt các công ty "ma" để phục vụ cho mục đích cá nhân. Việc thành lập các công ty "ma" được bà Lan giao cho các đồng phạm thực hiện, gồm: đặt tên công ty, tìm thuê người đứng tên thành lập công ty dưới các vai trò là người đại diện theo pháp luật, cổ đông, thành viên Công ty TNHH, tìm địa chỉ đặt trụ sở công ty, chọn ngành nghề kinh doanh... cho phù hợp với yêu cầu của bà Lan và đồng phạm.
Với phương thức này, bà Lan đã chỉ đạo nhóm đối tượng tại Tập đoàn VTP thành lập/nhận chuyển nhượng sử dụng hàng nghìn pháp nhân để: Đứng tên khoản vay; Chuyển/nhận tiền từ nước ngoài; Phát hành trái phiếu; Đứng tên dự án; Cơ cấu lại sở hữu cổ phần giữa các công ty, chuyển nhượng cổ phần, tài sản cho các cá nhân theo mục đích cá nhân và đồng phạm (chuyển nhượng nhiều lần để nâng giá trị tài sản, hoặc chuyển nhượng để lập phương án rút tiền ra khỏi SCB...).