Công trình này ngoài tính nghệ thuật còn mang ý nghĩa lớn hơn là một cột mốc chủ quyền tại vùng biển thiêng liêng của Tổ quốc.
Chủ tịch Hồ Chí Minh từng nói: “Tinh thần yêu nước cũng như các thứ của quý… Có khi được trưng bày trong tủ kính, trong bình pha lê, rõ ràng dễ thấy. Nhưng cũng có khi cất giấu kín đáo trong rương, trong hòm. Bổn phận của chúng ta là làm cho những của quý kín đáo ấy đều được ra trưng bày." Cho tới ngày nay, lời dạy của Bác Hồ kính yêu vẫn in sâu trong tâm trí của người dân Việt Nam.
Xuất phát từ tình yêu với biển đảo quê hương, họa sĩ Nguyễn Thu Thủy từ tháng 7/2011 đã đưa ra ý tưởng táo bạo - xây dựng quốc kỳ khổng lồ bằng gốm sứ ở đảo Trường Sa, thủ phủ của quần đảo Trường Sa  (tỉnh Khánh Hòa).
Theo ý tưởng của tác giả họa sĩ Nguyễn Thu Thủy, Công ty Nghệ thuật Tân Hà Nội và UBND thị trấn Trường Sa đã phối hợp thực hiện thi công gắn gốm cho lá Cờ đỏ Sao vàng trên bề mặt đảo, để từ trên không trung (từ vệ tinh, Google Earth hay máy bay) mọi người đều có thể chụp hình hay nhìn thấy quốc kỳ Việt Nam đỏ thắm bằng chất liệu gốm sứ trên nền xanh cây cối của đảo Trường Sa và màu xanh biếc của mặt nước Biển Ðông .
Tháng 12/2011, Bộ Tư lệnh Hải quân đã tạo điều kiện cho hai thành viên Công ty Nghệ thuật Tân Hà Nội theo tàu Trường Sa 01 ra đảo Trường Sa để khảo sát vị trí làm cờ Tổ quốc và tranh gốm trên đảo.
Bắt đầu từ cuối tháng 2/2012, với sự tài trợ của VP Bank , Công ty Nghệ thuật Tân Hà Nội đã bắt đầu triển khai làm gốm ở Bát Tràng và ghép tranh gốm cờ Tổ quốc ở xưởng 39A Hồng Hà, Hà Nội.
“Trước đây, nếu như việc làm Con đường gốm sứ ven sông Hồng khó một thì nay việc làm lá cờ khó gấp nhiều lần”, họa sĩ Thu Thủy từng chia sẻ trên Báo Tiền Phong. Rồi chị cho biết, sau khi hoàn tất lá cờ, việc vận chuyển tới Trường Sa cũng không đơn giản.
Tất cả số lượng gốm được đựng vào 94 thùng, mỗi thùng nặng gần 100kg, được đưa từ Hà Nội vào hai điểm tập kết là cảng Cam Ranh (Khánh Hòa) và cảng Cát Lái (TP. HCM), sau đó tiếp tục vận chuyển bằng đường biển ra đảo Trường Sa. Tại đây, những viên gốm mosaic cỡ nhỏ được gắn thành lá cờ đỏ sao vàng, nằm trên nóc nhà hội trường của đảo Trường Sa.
Trước đây, mái tòa nhà hội trường có kích thước 14x30m là mái bằng có lợp tôn. CTCP Ðiện tử Tin học Hóa chất đã thi công dỡ mái tôn, chống thấm và xây dựng mái bê tông cốt thép vát chéo. Sau đó, Công ty Nghệ thuật Tân Hà Nội đã thi công phần lá cờ gắn gốm.
Lá cờ bằng gốm trên mái nhà có kích thước 12,4x25m (diện tích 310m2) được ghép từ 310.000 viên gốm mosaic nhỏ cỡ 3x3cm nung ở 1.200 độ C, nặng 3,5 tấn. Công trình này từng được Tổ chức Kỷ lục Việt Nam trao bằng chứng nhận Lá cờ Tổ quốc bằng gốm lớn nhất Việt Nam.
Họa sĩ Nguyễn Thu Thủy cho biết, những mảnh gốm gắn cờ là gốm phủ men nặng lửa màu đỏ tươi, bảo đảm chịu được mưa nắng ngoài trời, độ mặn của muối biển và không bị bay màu. Chất kết dính các họa sĩ sử dụng là xi măng chịu mặn của Bộ Quốc phòng, có độ kết dính và chống muối biển ăn mòn rất cao.
Khi gắn xong viên gốm cuối cùng ở mép ngoài cùng của lá cờ Tổ quốc, tất cả những người có mặt đều vô cùng xúc động khi thấy lá cờ nổi bật giữa hòn đảo thiêng liêng và nhìn ra xung quanh là Biển Đông xanh biếc.
Bên cạnh công trình cờ Tổ quốc, các họa sĩ cũng đã hoàn thành 4 bức tranh gốm trên hai bức tường (cao 2,8m, dài 9m). Ðây là các tác phẩm nghệ thuật của 4 họa sĩ: Nguyễn Thu Thủy, Nguyễn Doãn Sơn, Phạm Viết Hồng Lam và Bùi Viết Ðoàn và cũng là những người trực tiếp thi công gắn gốm ròng rã trong nhiều ngày.
Hai bức tranh hướng về phía đường băng trung tâm đảo, thể hiện lịch sử lâu đời của dân tộc Việt Nam gắn bó với quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa, giới thiệu biểu tượng cùng nét đẹp văn hóa của ba miền Bắc - Trung - Nam và sức mạnh đại đoàn kết dân tộc; trong đó có các hình ảnh rồng thời Lý, Khuê Văn Các, chùa Một Cột  của Hà Nội, chùa Thiên Mụ của Huế, tháp Chàm Mỹ Sơn, bến cảng Nhà Rồng và tượng đài Bác Hồ. Nội dung tranh còn thể hiện một phần lịch sử dựng nước và giữ nước của dân tộc gắn với Biển Ðông cùng vẻ đẹp hiên ngang của người chiến sĩ hải quân nơi đầu sóng ngọn gió đang canh giữ sự bình yên cho Tổ quốc.
Hai bức tranh phía sau là cảnh làng quê Việt Nam thân thuộc; một bức là hoa sen, hoa đào, hoa mai, gợi những hình ảnh thân quen hiện diện trong cuộc sống hằng ngày của các chiến sĩ...
Lễ khánh thành công trình Lá cờ Tổ quốc gắn gốm lớn nhất Việt Nam và 4 bức tranh gốm với chủ đề "Trường Sa - Biển đảo Việt Nam mến yêu" đã được tổ chức vào tháng 6/2012 tại đảo Trường Sa.