Hiếm có ngôi chùa nào ở huyện còn lưu giữ được nhiều huyền tích ly kỳ và những dấu ấn hàng trăm năm như nơi này.
Tọa lạc phía hữu ngạn dòng sông Cái, cạnh bên Cầu Mới trên tuyến quốc lộ 1A qua địa phận thị trấn Diên Khánh, huyện Diên Khánh, tỉnh Khánh Hòa, ngôi chùa Hoa Tiên hình thành và tồn tại hơn 200 năm qua.
Theo thi sĩ Quách Tấn, tác giả Xứ Trầm Hương, chùa Hoa Tiên vốn là quan tự, do tỉnh lập năm Gia Long thứ 10 (1811). Chùa ngày xưa thờ Quan Thánh đời Tam quốc ở gian giữa, thờ bà Thiên Y A Na ở bên hữu, thờ Phật ở bên tả.
Năm Minh Mạng thứ 3 (1822), tỉnh giao chùa cho làng. Lúc còn thuộc quyền tỉnh cũng như lúc đã giao cho làng, mỗi năm đến ngày 13 tháng Giêng Âm lịch đều phải tổ chức hát bội tại chùa, tục gọi là “hát vía Ông”. Do đó, chùa trở thành địa chỉ tâm linh quan trọng ở Diên Khánh và ngày 13 tháng Giêng trở thành ngày hội vui hàng năm của người địa phương.
Đến triều Bảo Đại (1924-1945) hưởng ứng phong trào chấn hưng Phật giáo , làng bèn đổi chùa thờ Thánh thành chùa thờ Phật. Làng thỉnh tượng Phật vào thờ gian giữa, rước tượng Thánh sang thờ gian tả, còn gian hữu vẫn thờ bà Thiên Y A Na. Kế đến quốc biến, chùa Hoa Tiên cũng không tránh khỏi nghiệp chung, cảnh vật phải chịu khá nhiều biến cải. Đến năm Kỷ Hợi (1959), chùa được trùng tu, quy mô rộng lớn, kiến trúc tân thời nhưng vẫn giữ được vẻ Á Đông cổ kính.
Trước mặt, con sông Cái nước chảy từ Tây xuống Đông, mở vọng cảnh của chùa thêm rộng. Vườn chùa cũng khá rộng, lại nhiều cây, nhiều cây cao rậm nên quang cảnh cũng như ngoài đều đượm khí vị thiền lâm.
Ngôi cổ tự  này vốn đã nổi tiếng từ xưa đến nay và hiếm có ngôi cổ tự nào ở huyện còn lưu giữ được nhiều huyền tích ly kỳ với những dấu ấn hàng trăm năm như chùa Hoa Tiên.
Ở chùa hiện còn giữ nhiều sắc phong, câu đối sơn son thếp vàng được các triều vua Nguyễn sắc tặng và nhiều pho tượng cổ tương truyền được các vị quan, hoàng thân quốc thích, nhà giàu có dâng cúng Phật và bà Thiên Y A Na. Ngoài ra, chùa còn có pho tượng Phật được đẽo tạc bằng đá xanh hiếm thấy trên đời.
Theo thầy Thích Chơn Đạo - trụ trì chùa Hoa Tiên, chùa đang sở hữu 2 pho tượng Phật lồi hiếm có. Một pho tượng Phật lồi còn lưu giữ ở chùa Hoa Tiên và được nhà chùa bảo vệ nghiêm ngặt trong mật thất.
Cao khoảng 0,6m, tượng cổ bị mất đầu, không rõ là tượng nam thần hay nữ thần vì những đường nét chạm khắc đã bị thời gian bào mòn. Các bậc cao niên ở vùng này lý giải, tiền thân của pho tượng cổ nguyên vẹn chứ chẳng phải đầu lìa khỏi thân như hiện nay. Hơn nửa thế kỷ trước, dưới gốc cây cốc đại thụ kia bỗng lồi lên pho tượng. Vì nghĩ đó là vật thiêng nên thầy trụ trì kính cẩn mang vào chùa thờ. Ai ngờ nửa đêm thì tượng bỗng dưng rơi xuống đất, đầu lìa khỏi thân. Lời đồn rằng pho tượng không muốn rời khỏi cây cốc nên thầy trụ trì đã mang tượng ra đặt trở lại vị trí cũ.
Nhắc đến chuyện cây cốc khổng lồ, người dân địa phương vẫn đồn thổi về kho vàng nằm dưới gốc cây. Lời truyền rằng dưới gốc cây ngàn năm có kho báu với vô số tượng vàng, ngọc ngà được canh giữ bởi những trinh nữ bị nhà quyền quý người Chăm chôn sống làm ma nhằm trấn giữ kho vàng.
Ban đêm, dân trong vùng thường thấy ánh vàng sáng rực di chuyển quanh "thần mộc" và khuôn viên chùa, gọi hiện tượng thần bí ấy là "vàng đi ăn". Tiếng đồn rằng đó là hồn của những trinh nữ bị chôn sống hóa thân… Và vì niềm tin ấy nên dù đoán chắc dưới gốc cây cốc có vàng nhưng chẳng cư dân bản địa nào dám tơ tưởng đến chuyện quật đào đặng kiếm tìm kho báu.
Hoặc cứ cho là kho vàng  dưới chân cây cốc chỉ là lời đồn không có thật thì riêng công trình cổ tự cổ kính chẳng bị kiểu kiến trúc tân thời xâm hại, gốc cây và những pho tượng hàng trăm, hàng ngàn năm tuổi cùng những bức hoành phi, câu đối, sắc phong của các triều vua còn được lưu giữ… cũng đủ để nói rằng "kho báu" Hoa Tiên tự là có thật.