Cơ quan điều tra đã thu hồi tiền mặt, bất động sản, một lượng lớn cổ phần và tài sản khác để khắc phục hậu quả vụ án.
Theo điều tra của Bộ Công an, bà Trương Mỹ Lan , Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát không nắm giữ chức vụ tại Ngân hàng SCB nhưng là người có quyền lớn nhất, bởi từ khi sáp nhập (năm 2012) đến nay luôn nắm cổ phần chi phối từ 85% đến 91,5%; số cổ phần còn lại (<10%) do hơn 4.000 cổ đông nhỏ lẻ nắm giữ.
Tuy nhiên, bà Lan đã bố trí người thân tín giữ các chức vụ lãnh đạo chủ chốt tại SCB (Hội đồng quản trị, Ban điều hành) nên mọi hoạt động của ngân hàng này "đều cơ bản phục vụ hoạt động" của bà Lan.
Cơ quan chức năng xác định, từ tháng 2/2018 đến tháng 10/2022, bà Lan đã chỉ đạo lập khống 916 hồ sơ vay vốn của SCB 545.000 tỷ đồng và chiếm đoạt 304.000 tỷ đồng (khoảng 12,36 tỷ USD) của người dân và khách hàng. Ngoài ra, bà Lan còn bị cáo buộc gây thiệt hại tiền lãi phát sinh gần 130 nghìn tỷ đồng. Bà Lan đã gây thiệt hại tổng cộng hơn 415.000 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, Bộ Công an đã rà soát, truy thu theo dòng tiền có nguồn gốc từ hành vi phạm tội  của bà Lan và người liên quan; tài khoản, tài sản đứng tên những bị can hoặc cá nhân được nhờ đứng tên để thu hồi, kê biên, phong tỏa nhằm đảm bảo khắc phục hậu quả vụ án.
Đối với bà Trương Mỹ Lan và đồng phạm ở nhóm ngân hàng, cơ quan điều tra đã thu giữ tổng cộng gần 590 tỷ đồng và gần 15 triệu USD . Trong đó có 14,5 triệu USD trước đó bà Lan đưa cho Tạ Hùng Quốc Việt, Tổng Giám đốc Công ty CP Greenhill Village, để nhận chuyển nhượng Dự án Greenhill Quy Nhơn do Việt làm chủ đầu tư.
Hồi tháng 10/2022, sau khi được cơ quan điều tra mời làm việc, Việt đã liên hệ với người liên quan để giao nộp toàn bộ số tiền đã nhận của bà Lan. Cụ thể là hơn 116 tỷ đồng (khoảng 4,8 triệu USD) và 9,75 triệu USD. Về số tiền này, bà Lan đồng ý sử dụng để khắc phục hậu quả vụ án.
Cảnh sát thu giữ 190.000 USD của Trần Văn Hùng, nhân viên dọn dẹp, vệ sinh căn hộ của bà Lan tại tòa nhà Sherwood ở quận 3, TP HCM. Số tiền này nằm trong hộp giấy chứa tài liệu của bị can Chu Duyệt Phần (con gái bà Lan).
Công ty Cổ phần Sài Gòn Kim Cương đã tự nguyện chuyển gần 415 tỷ đồng - một phần trị giá trong tổng số hơn 120 triệu cổ phần công ty mà bà Lan đã giao cho các cá nhân nắm giữ.
Nhà chức trách cũng phong tỏa gần 2.000 tỷ đồng , gần 8,5 triệu USD; ngăn chặn giao dịch đối với số dư gần 790 tỷ đồng trong tài khoản mở Ngân hàng SCB tại của Công ty Cổ phần Sài Gòn Kim Cương.
Đối với bà Trương Mỹ Lan, kê biên  tổng cộng 1.237 bất động sản liên quan, bao gồm hàng loạt tòa nhà ở quận 1, 3, 5...; kê biên 857 triệu cổ phần SCB , hơn 137 triệu cổ phần 5 công ty của các pháp nhân, cá nhân đứng tên hộ bà Lan; 1 du thuyền, 2 tàu, 19 ô tô...
Đối với nhóm hành vi Đưa hối lộ, Nhận hối lộ; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, cơ quan điều tra đã thu tổng cộng hơn 25 tỷ đồng và hơn 5,3 triệu USD ; sổ tiết kiệm, nhiều sổ đỏ và các đồ vật khác.
Đối với hành vi lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản của Nguyễn Cao Trí , cơ quan điều tra đã kê biên 7 bất động sản (trị giá hơn 266 tỷ đồng). Gia đình bị can cũng tự nguyện nộp vào tài khoản tạm giữ của cơ quan điều tra tổng cộng 1.001 tỷ đồng.
> > Vụ Vạn Thịnh Phát: Lộ tên người tố giác cựu Cục trưởng NHNN nhận hối lộ 5,2 triệu USD