Khu bảo tồn biển rộng 35.000ha lớn nhất Việt Nam: Cách đất liền hơn 400km, là ngư trường quan trọng được bảo vệ đặc biệt giữa biển Đông
Khu bảo tồn này còn có giá trị pháp lý đối với vấn đề bảo vệ chủ quyền quốc gia về mặt lãnh thổ và tài nguyên môi trường của đất nước.
Trong 16 khu bảo tồn  biển Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt thì Nam Yết là khu bảo tồn lớn nhất Việt Nam. Khu bảo tồn biển Nam Yết thuộc huyện Trường Sa , tỉnh Khánh Hòa có tổng diện tích 35.000ha, trong đó diện tích biển là 20.000ha.
Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Khánh Hòa, khu bảo tồn Nam Yết được quy hoạch là khu bảo tồn loài - sinh cảnh cấp quốc gia, bao gồm toàn bộ diện tích rạn san hô đảo Nam Yết (15.000ha).
Vùng biển cụm đảo Nam Yết có tầm quan trọng đặc biệt đối với nghề đánh bắt hải sản xa bờ. Đây là vùng trung tâm phát tán nguồn giống hải sản tự nhiên, một trong những ngư trường  quan trọng đối với cá và các loài sinh vật biển khác ở biển Đông . Ngoài ra, khu bảo tồn biển Nam Yết còn có giá trị pháp lý đối với vấn đề bảo vệ chủ quyền quốc gia về mặt lãnh thổ và tài nguyên môi trường của đất nước.
Đảo Nam Yết ở phía nam cụm đảo Nam Yết, cách TP Nha Trang khoảng 450km về phía đông nam. Theo số liệu điều tra của Viện Nghiên cứu hải sản, khu vực biển Nam Yết có 185 loài thực vật phù du, 307 loài động vật phù du, 86 loài rong, 2 loài cỏ biển, 225 loài động vật đáy, 414 loài cá san hô, 2 loài rùa biển.
Đặc biệt, san hô  có tổng cộng 246 loài, trong đó bộ san hô cứng 222 loài, san hô mềm 13 loài, san hô sừng 9 loài và 2 bộ san hô xanh, san hô thủy tức. Đảo Nam Yết có một vành đai san hô bao quanh dài trên 3km, rộng khoảng 250km2 theo hình thái rạn san hô viền bờ giống như các đảo khác. Phần dưới biển phía nam đảo là những vách đá dựng đứng có nhiều loại san hô bám khá độc đáo.
Nam Yết còn được đánh giá là nơi phong phú nhất về thành phần loài san hô và xuất hiện cả san hô đỏ vô cùng quý hiếm. Sinh vật trên cạn có 19 loài thực vật, trong đó có những cây trồng gần 100 năm vẫn còn sống, 10 loài chim biển, thú hoang có chuột và một số động vật nuôi.
Trong số các loài sinh vật biển đã phát hiện nhiều loài thuộc nhóm quý hiếm trong sách đỏ như: tôm hùm, bào ngư, trai tai tượng, hải sâm, ốc anh vũ, nhum đá, vích, đồi mồi... Đây cũng là bãi đẻ của nhiều loài sinh vật biển; nơi làm tổ của các loài chim và rùa biển; nơi có nhiều loài chim biển không tìm thấy ở những vùng biển khác của Việt Nam.
Thổ nhưỡng trên đảo Nam Yết rất đặc biệt, bên dưới nền cát san hô sâu hơn 1m là lớp phân chim và lá cây mục rất dày. Đây là nguồn dinh dưỡng phong phú cho các loại cây trên đảo phát triển, nhất là cây đu đủ, dừa.
Nam Yết còn có một nhiệm vụ là nhân giống cây dừa để mang ra trồng ở nhiều hòn đảo khác trong quần đảo Trường Sa. Những trái dừa được ươm cẩn thận trong vườn khoảng 3 tháng, sau khi phát triển 4 lá là có thể đem ra trồng. Hằng năm có nhiều cơn bão lớn quét qua Nam Yết, nhưng chưa từng có một cây dừa nào bị gãy đổ. Những hàng dừa còn chở che cho vườn rau xanh và các loại cây nhỏ khác trước sự tác động trực tiếp của hơi mặn nước biển và bão gió khắc nghiệt.
Ngoài ra, trên đảo Nam Yết còn có cây bàng vuông 9 nhánh khoảng 300 năm tuổi được công nhận là cây di sản.
Đảo không có nước ngọt, bãi san hô ngập nước bao quanh đảo, lan ra cách bờ từ 300-1.000m. Khi thủy triều thấp nhất, bãi san hô nhô lên khỏi mặt nước từ 0,2-0,4m. Về thời tiết, mùa mưa liên tục từ tháng 6 đến tháng 1 năm sau, lượng mưa trung bình hàng năm từ 2.848mm-3.235mm.
Hiện nay, trên đảo Nam Yết có trung tâm văn hóa được xây dựng khá khang trang; đèn hải đăng hướng dẫn tàu thuyền qua lại; chùa Nam Huyên phục vụ đời sống văn hóa tâm linh đối với các cán bộ, chiến sĩ và ngư dân đi biển.