Ngôi chùa đã nhiều lần trùng tu, tôn tạo theo những thăng trầm của lịch sử dân tộc và sự thịnh suy của đạo Phật Việt Nam.
Chùa Trà Phương được xây dựng tại thôn Trà Phương, xã Thụy Hương, chùa cách trung tâm huyện Kiến Thụy, TP. Hải Phòng khoảng 6km về hướng tây. Chùa Trà Phương mang 2 tên chữ là chùa Bà Đanh và Thiên Phúc tự gắn liền với lịch sử xây dựng cũng như tồn tại của chùa.
Tích xưa ghi lại, vào thời Lý, ngôi chùa  được xây dựng trên một gò đất cao có nhiều cây cối, xa xóm làng nên được gọi là Bà Đanh tự, cách núi Chè gần 1km về phía đông.
Theo truyền ngôn của người dân địa phương, thuở hàn vi, Mạc Đăng Dung trong một lần bị truy sát đã trốn trong chùa Bà Đanh mà thoát nạn. Sau này dựng nghiệp, để nhớ ơn cũ, Mạc Đăng Dung xuống chiếu trùng tu, mở rộng chùa và đổi tên thành Thiên Phúc tự.
Theo văn bia “Tu tạo Bà Đanh tự” (khắc năm 1562) tại chùa, người đứng chủ hưng công lại chùa Bà Đanh là Thái Hoàng Thái Hậu Vũ Thị Ngọc Toàn, cùng với 25 thân vương, công chúa, quận công và dân làng Trà Phương đóng góp xây dựng lại chùa. Văn bia đã ghi rõ đây là đợt trùng tu rất quy mô, khiến cho ngôi chùa Trà Phương thành trung tâm Phật giáo lớn vùng Duyên hải.
Được ví như danh lam thắng cảnh  thời bấy giờ nên chùa Trà Phương từng được quốc sư về thuyết pháp, giảng kinh. Sau khi nhà Mạc thất bại, quan quân Lê - Trịnh đã san bằng vùng đất Dương Kinh, tàn phá nặng nề nhiều công trình kiến trúc mang dấu ấn triều đại trước, trong đó có chùa Trà Phương đã trở thành phế tích. Đến thời nhà Nguyễn, chùa Trà Phương được trùng tu lại nên hiện nay mang đậm nét kiến trúc nghệ thuật thời Nguyễn.
Chùa Trà Phương có mặt chính quay về hướng tây nam, với các công trình kiến trúc như tòa thờ Phật, tòa thờ các vị tổ sư, nhà khách, nhà bia, sân vườn và kiến trúc cổng chùa. Tòa điện Phật trước đây có kiến trúc kiểu chữ Đinh với 5 gian bái đường, 3 gian chuôi vồ; nhưng hiện nay chỉ còn lại 3 gian bái đường, 3 gian chuôi vồ.
Chùa còn lưu giữ nhiều hiện vật thời Mạc, đặc biệt là pho tượng Thái tổ Mạc Đăng Dung và bức phù điêu Thái Hoàng Thái Hậu Vũ Thị Ngọc Toàn đã được công nhận là bảo vật quốc gia  theo Quyết định số 2283/QĐ-TTg ngày 31/12/2020 của Thủ tướng Chính phủ.
Cả hai pho tượng đều có niên đại từ thế kỷ XVI. Trong đó, tượng Thái tổ Mạc Đăng Dung có chiều cao 63cm, ngang 37cm, được tạo tác theo phong cách tượng tròn với dạng thức kiểu tượng hậu. Tượng có khuôn mặt trái xoan, mắt tròn to, mũi phồng, đầu mũi khá to, miệng nhỏ hơi mím, tai to, cằm nhọn. Tổng thể tượng thể hiện người luống tuổi, quyền thế, hoàng gia.
Phù điêu Thái Hoàng Thái Hậu Vũ Thị Ngọc Toàn (là người làng Trà Phương và là chính thất của Thái tổ Mạc Đăng Dung) được làm từ chất liệu đá vôi, tượng có chiều cao 56cm, vai ngang 23cm. Tượng được tạc hõm sâu vào đá nguyên khối. Phía ngoài phiến đá tạo tác kiểu văn bia, chạm khắc biểu tượng bông sen 16 cánh đơn.
Chính điện của chùa là nơi thờ Phật, tiền đường thờ vua Mạc Đăng Dung và Hoàng hậu Vũ Thị Ngọc Toàn. Bên ngoài là cổng Nhất môn với hai tầng má, nhà bia với đầm sen rộng tượng trưng cho đức hạnh, lối sống của người tu hành.
Hai bên thành bậc của nhà bia là đôi sấu đá được tạo dáng theo lối tượng tròn, một trong những sản phẩm nghệ thuật tiêu biểu của văn hóa Mạc thế kỷ XVI còn lại hiện nay ở Hải Phòng. Đến năm 2007, chùa Trà Phương được xếp hạng Di tích kiến trúc nghệ thuật  cấp Quốc gia.